Ca tourne vite ces engins-là et il faut un bon entrainement pour les utiliser correctement.
Pour pallier la défaillance du guide en bout de course, il suffit de le rallonger en vissant une plaquette de bois dur ou d'alu et ainsi augmenter la surface d'appui. Mais c'est valable surtout pour des coupes longitudinales. Pour les coupes transversales comme celles que tu as à faire, comme le dit EGR411, c'est moins compliqué d'appuyer ton outil contre une règle sans te servir du guide d'origine.
En attendant de devenir un champion de la défonceuse, je te suggère de faire tes encoches à la scie circulaire et de virer le reliquat à la défonceuse. Tu auras ainsi un travail propre et rapide. Et si au final tu veux fermer les encoches, il te suffira de coller un bout de bois de chaque côté.
En tout cas, ton idée de rangement est intéressante.